Interakcie medzi nadzemnými a podzemnými zložkami ekosystému sú vo všeobecnosti považované za nevyhnutné pre fungovanie daného ekosystému. Ukazuje sa, že pôdna mikrobiota je veľmi často priestorovo spojená so zložením, druhovou bohatosťou a biomasou rastlinnej zložky ekosystému. Hlavným cieľom práce bolo objasniť a poukázať na väzby a interakcie medzi pôdnymi mikroorganizmami na jednej strane, a stromovou a bylinnou vegetáciou v prírodných bukových ekosystémoch na strane druhej. V rámci práce sme zisťovali základné fyzikálno-chemické vlastnosti, mikrobiálne vlastnosti pôdy a abundanciu a diverzitu funkčných skupín pôdnych mikroorganizmov meraných pomocov metód BiologTM a MicroRespTM v 8 prírodných bukových ekosystémoch. Výskumné plochy boli lokalizované v 4. a 5. vegetačnom stupni v rôznych pohoriach na území Slovenska. Vzorky sa odoberali z O-horizontu a z prvých 30 cm minerálneho horizontu v 10 cm intervaloch. Možno konštatovať, že bola preukázaná značná variabilita pôdnych parametrov nielen medzi sledovanými lokalitami, ale aj v rámci jednotlivých lokalít. Vo všeobecnosti najvyššie hodnoty koncentrácie živín a mikrobiálnych charakteristík pôdy boli zistené na lokalite Klenovský Vepor, a naopak najnižšie na lokalite Havešová. Na fyzikálno-chemické a mikrobiálne vlastnosti pôdy mali zo zisťovaných environmentálnych faktorov najvýznamnejší vplyv nadmorská výška a materská hornina. V rámci vplyvu fyzikálno-chemických vlastností na mikrobiálne charakteristiky sa potvrdili doposiaľ známe vzťahy. V rámci skúmania vzťahov medzi vegatáciou a pôdnymi vlastnosťami, výsledky korelačnej analýzy preukázali pozitívne korelácie medzi pokryvnosťou bylinnej vrstvy a diverzitou nadzemnej zložky na jednej strane a sledovanými fyzikálno-chemickými a mikrobiálnymi vlastnosťami na strane druhej, a naopak negetívne korelácie medzi pokryvnosťou stromovej vrstvy a sledovanými pôdnymi vlastnosťami. Prvé dve ordinačné osi RDA vysvetľovali 36 – 43 % celkovej variability pre fyzikálno-chemické vlastnosti a 24 – 30 % pre mikrobiálne atribúty v A-horizontoch, v závislosti od hĺbky odberu vzorky. Naopak priamy vplyv nadúrovňovej štruktúry lesa na parametre vrchnej vrstvy pôdy okrem objemu stromov a indexu hustoty porastu na vlastnosti O-horizontu nebol preukázaný. Vplyv štruktúry porastu sa viac prejavil vo fyzikálno-chemických vlastnostiach ako v mikrobiálnych charakteristikách. Prvé dve ordinačné osi RDA vysvetlili 28,69 % a 27,25 % celkového rozptylu pre fyzikálno-chemické vlastnosti a 35,82 % a 29,18 % pre mikrobiálne atribúty v O- a A-horizontoch, v tomto poradí.