Cieľom dizertačnej práce bolo získanie nových poznatkov o prevalencii a mechanizmoch antimikrobiálnej rezistencie indikátorových Escherichia coli pomocou intepretovaného odčítavania minimálnej inhibičnej koncentrácie a pomocou PCR. Na záchyt kmeňov sme použili rektálne výtery teliat, ošípaných, hydinových brojlerov, voľne žijúcich vtákov, psov a ovčieho syra. Časť vzoriek od hydiny a teliat bola z klinických prípadov. Vyššie hodnoty minimálnej inhibičnej koncentrácie na fluorochinolóny sme zaznamenali v izolátoch z ošípaných, hydiny, voľne žijúcich vtákov a psov. Najviac zastúpeným génom kódujúcim plazmidom sprostredkovanú rezistenciu bol qnrB (psy) a qnrS (aviárne kmene). Zaznamenali sme aj prítomnosť ciprofloxacínového variantu aminoglykozidtransferázy aac(6 ́)Ib-cr (psy, hydina). U 7 hydinových izolátov E. coli sme detekovali ampicilinázu typu Cit, cefotaximázy typu CTX-M-1 (jeden izolát), CTX-M-2 (jeden izolát) a tiež boli zaznamenané gény kódujúce rezistenciu na tetracyklín - tetA; tetB; sulfónamidy - sul1, sul2, sul3; trimetoprim - dfrA; dfrB; streptomycín – aadA; florfenikol - floR. Ampicilín rezistentné E. coli pochádzajúce z teliat mali základné betalaktamázy TEM-1,-2, SHV-1 a tetracyklín rezistentné izoláty mali častý výskyt génu tetA, spolu s integrónom 1 a transpozónom 3. Zistili sme aj prítomnosť génov kódujúcich virulenciu, metabolizmus železa a schopnosť tvoriť biofilm. O rôznorodosti kmeňov vyvolávajúcich hnačky u teliat vypovedá zistenie, že okrem intimínu (eaeA), ktorý sa často zachytáva u hnačkujúcich zvierat, sme detegovali aj gény ST1 (termostabilný enterotoxín), papC (fimbrie), VT2 (verotoxín) či CNF1/CNF2 (cytotoxické nekrotizujúce faktory). Najčastejšie detegovanými génmi z ovčích syrov boli papC (fimbrie) a fyuA (yersiniabaktínový siderofór), jeden izolát bol pozitívny na 3 gény virulencie (iss - zvýšené prežitie v sére, cvaC – kolicín V, papC). Z dôvodu podobnosti aviárnych (APEC) a humánnych kmeňov spôsobujúcich uroinfekcie (UPEC) sme sa zamerali na detekciu spoločných génov a výsledky poukázali na najčastejšiu prítomnosť feoB (príjem železa), sitA (železo/mangánový transport), iroN (salmochelínový siderofór), iss, iutA (receptor pre aerobaktín) a fyuA. Fylogenetické zatriedenie E. coli na patogény a komenzály poukázalo na častejší záchyt kmeňov spadajúcich do intestinálnych komenzálnych skupín (B1, A, C). Získané výsledky môžu dopomôcť k lepšej stratégii užívania antimikrobiálnych látok vo veterinárnej medicíne a vďaka detekcii génov kódujúcich faktory virulencie aj nový pohľad na klinický priebeh ochorenia.

The main aim of the dissertation thesis was to obtain a new knowledge about the prevalence and mechanisms of antimicrobial resistance of indicator microorganism Escherichia coli by interpreted reading of the minimum inhibitory concentration and by PCR. The strains were obtained by rectal swabs of calves, pigs, poultry broilers, wild birds, dogs and sheep cheese. Some of the samples from poultry and calves were from clinical cases. Higher values of the minimum inhibitory concentration of fluoroquinolones were recorded in isolates from pigs, poultry, wild birds and dogs. The most common genes encoding plasmid-mediated resistance were qnrB (dogs) and qnrS (avian strains). The presence of the ciprofloxacin variant of the aminoglycoside transferase aac (6 ́)Ib-cr (dogs, poultry) was captured. Cit ampicillinase was detected in 7 poultry E. coli isolates, CTX-M- 1 cefotaximase (one isolate), CTX-M-2 (one isolate). The genes encoding other types of resistance were detected too, concretely: tetracycline resistance – tetA, tetB; sulfonamides resistance - sul1, sul2, sul3; trimethoprim resistance – dfrA, dfrB; streptomycin resistance - aadA; florfenicol resistance- floR. Ampicillin-resistant E. coli obtained from calves had the basic beta-lactamases TEM-1, -2, SHV-1, and tetracycline-resistant isolates had frequent occurrence of the tetA gene, along with integron 1 and transposon 3. The presence of genes encoding virulence and iron metabolism, the ability to form a biofilm were found. The diversity of calf- diarrhea-causing strains were positive to intimine (eaeA), which is often obtained in diarrhea animals, ST1 (thermostable enterotoxin), papC (fimbriae), VT2 (verotoxin) or CNF1 / CNF2 (cytotoxic necrotizing factors) genes. The most frequently detected genes from sheep cheese were papC (fimbriae) and fyuA (yersiniabactin siderophor), one isolate was positive for 3 virulence genes (iss - increased serum survival, cvaC - colicin V, papC). Due to the similarity between avian (APEC) and human urinary tract infections (UPEC), we focused on the detection of common genes and the results showed the most common presence of feoB (iron uptake), sitA (iron / manganese transport), iroN (salmochelin siderophor), iss, iutA (aerobactin receptor) and fyuA. Phylogenetic classification of E. coli to pathogens and commensals indicated more frequent detection of strains belonging to the intestinal commensal groups (B1, A, C). The results may contribute to a better strategy of the use of antimicrobial in veterinary medicine and the detected genes encoding virulence factors to a new insight of the clinical course of the disease.