MinION is a small portable sequencing device that allows the analysis of sequenced data already during the sequencing run. Such analysis can be used for monitoring the sequencing run progress in real-time as the data are produced and therefore allows the user to decide when they have a sufficient amount of data to terminate the run. However, to get the results in real-time, such analysis often requires a powerful computer with GPU support. We have developed a new monitoring tool for SARS-CoV-2 sequencing runs. Our tool enables on-the-fly analysis on a regular desktop computer without GPU support, using a complex computational pipeline involving base calling, debarcoding, sequence alignment, and variant identification. We have tested our monitoring tool on real sequencing runs of SARS-CoV-2 clinical samples.

Sekvenačný prístroj MinION umožňuje analýzu dát už počas sekvenačného behu. Takúto analýzu možno použiť napríklad na monitorovanie sekvenačných behov v reálnom čase kedy vznikajú dáta, čo umožňuje používateľovi rozhodnúť kedy má dostatočné množstvo dát na to, aby mohol sekvenačný beh ukončiť. Na to aby sme získali výsledky v rálnom čase však takáto analýza často vyžaduje vysokovýkonný počítač s podporou GPU. Vytvorili sme nový monitorovací nástroj na monitorivanie SARS-CoV-2 sekvenačných behov. Náš nástroj umožňuje analýzu dát v reálnom čase na bežnom počítači bez podpory GPU, ktorá zahŕňa viaceré kroky - identifikáciu báz, debarkódovanie, zarovnanie sekvencií a identifikáciu variantov. Otestovali sme náš monitrovací nástroj na reálnych sekvenačných behoch na klinických vzorkách SARS-CoV-2.