V našej práci sme analyzovali možnosti využitia skenovacej elektrónovej mikroskopie (SEM) a RTG mikro-počítačovej tomografie (RTG mikro CT) pre účely štúdia šírenia hubových patogénov a oomycét v hostiteľských drevinách (zástupcovia rodu Phytophthora na Fagus sylvatica a hybridnom topoli, Neonectria punicea na Fraxinus excelsior a Ophiostoma novo-ulmi na holandských hybridných brestoch). Analyzovaným rastlinným materiálom boli vzorky infikovaných drevín. Vedeckým výstupom použitých zobrazovacích techník boli digitálne SEM fotografie zobrazujúce priebeh infekcie, respektíve video súbor z RTG mikro CT priestorovo zobrazujúci infikované pletivá. SEM pri pomerne jednoduchej príprave vzoriek poskytuje vysoké zväčšenie s veľkou hĺbkou ostrosti čo ju predurčuje na zobrazovanie a identifikáciu hýf patogénov v hostiteľských pletivách. Medzi nevýhody patrí ekonomicky náročnejšia príprava vzorky naprašovaním zlata. Prednosťou RTG mikro CT je skenovanie celého objektu v celom jeho objeme, čo poskytuje komplexnejšiu informáciu o pletive. Taktiež RTG mikro CT poskytuje možnosť zobrazenia v 3D. Nevýhodou RTG mikro CT je jeho nižšie rozlíšenie na úrovni bunkových elementov, na čo v súčasnosti už reflektuje vývoj RTG nano CT prístrojov, ale pre účely histologického zobrazovania je plne postačujúcou a veľmi vyhľadávanou technikou.